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　　通常控制系統要求采用手動和自動兩種方式實現對凍幹箱的凍幹機進行整個凍幹過程及自動加塞、自動清洗的控制。一般具體要求為:

　　(1)能夠將凍幹曲線數值存儲在磁盤中，並能在計算機屏幕上進行實時顯示和曆史數據顯示，且支持即時打印。這些曲線包括產品溫度曲線、板層溫度曲線、水氣凝結器溫度曲線和真空度曲線。

　　(2)控制系統的測量誤差要求:溫度+-1.0℃、真空度+-10Pa、產品最終含水量+-1%。

　　(3)該系統能根據不同的產品來設冷凍乾燥機定或修改凍幹曲線，在凍幹過程中通過調節加熱板的溫度、供熱量、箱體真空度、水氣凝結器的溫度等使產品跟蹤設定曲線。

　　(4)對水氣凝結器溫度進行設定，通過控制制冷機能量調節器來跟蹤設定溫度。

　　(5)對凍幹箱內真空度能夠進行設定，並通過微動閥來調節至所要求的真空度。

　　(6)故障報警及處理，包括真空機組啟動壓力、凍幹過程中真空度超過設定值的報警和有關數據顯示等。

　　(7)產品的自動加塞:在凍幹制品出箱前進行自動加塞密封處理，保證產品的潔淨和幹燥狀態，提高凍幹制品的質量。

　　(8)前後批量生產之間的清洗與冷凍乾燥機消毒:為了防止交叉汙染，在兩批量生產之間進行在位自動清洗和消毒，要求達到GMP標准。

　　冷凍幹燥機的控制主要是對制冷機、真空機組、加熱系統的起停及溫度的控制，對真空度、溫度的測定與監控，以及自動保護、報警裝置等。采用全自動控制或微電腦控制的凍幹機都能顯示各主要部件的工作狀態，顯示幹燥箱內隔板和藥品的溫度、真空度、捕水器溫度，都能進行參數設定、修改和實時顯示。